Принцип разделения властей предопределяет создание органов финансового контроля, подотчетных органам исполнительной и представительной власти.
Исполнительная власть осуществляет функции финансового контроля посредством следующих институтов.
1. Президент РФ. Президентский контроль осуществляется путем реализации прав Президента РФ по формированию нормативно-правовой базы, в том числе регламентирующей организацию контроля, и прав по формированию состава Правительства РФ.
2. Главное контрольное управление Президента РФ действует на основе Указа Президента РФ от 16 марта 1996 г. № 383. Как структурное подразделение Администрации Президента оно подчиняется непосредственно Президенту РФ, но взаимодействует со всеми органами законодательной и исполнительной власти. Его функциями являются контроль за деятельностью органов контроля и надзора при федеральных органах исполнительной власти, подразделений Администрации Президента, органов исполнительной власти субъектов РФ; рассмотрение жалоб и обращений граждан и юридических лиц, проверка исполнения федеральных законов, указов, распоряжений и поручений Президента РФ. Контрольное управление наделено правом требовать от руководителей государственных органов, организаций и предприятий предоставления документов, материалов и другой информации, необходимой для проведения проверок; привлекать к проверкам специалистов и представителей правоохранительных органов и вносить на рассмотрение Президента предложения по результатам проверок. Оно вправе направлять предписания об устранении финансовых нарушений, которые должны быть рассмотрены соответствующими должностными лицами в месячный срок, но не вправе самостоятельно применять какие-либо санкции.