Как было отмечено выше, бюджетные программы в зависимости от уровня государственного управления подразделяются на две категории - республиканские и местные бюджетные программы. Местные программы в свою очередь подразделяются на три субкатегории бюджетных программ:
1) областные и городов Астана и Алматы;
2) районные и городские;
3) района в городе, города районного значения, поселка, аула (села), аульного (сельского)округа.
Подразделение бюджетных программ в зависимости от уровня государственного управления схоже с административно-территориальным разделением населенных пунктов, а значит, существенно только для определенного города, села, области и т.д. Учитывая высокий уровень централизации государственного управления, не часто можно встретить программы, которые от населенного пункта к населенному пункту отличались бы коренным образом, однако, такие программы существуют, и чем ниже уровень государственного управления от области к аулу (селу), тем выше вероятность наличия различий в бюджетных программах. Отметим слабую сторону в этом вопросе - отсутствие/нехватка высококвалифицированных специалистов на низовых уровнях госуправления, которые могли бы качественно разработать соответствующие бюджетные программы.
Следующая категория, группа бюджетных программ, в зависимости от способа реализации бюджетной программы подразделяется на индивидуальные и распределяемые. Под индивидуальными бюджетными программами понимаются программы, которые реализуются одним администратором бюджетной программы. К подобным программам можно отнести программу социального обеспечения инвалидов или пенсионного обеспечения граждан Казахстана, достигших пенсионного возраста. По этим программам единственным администратором является Министерство труда и социальной защиты населения РК, соответственно, бюджетная программа будет характеризоваться как индивидуальная. К распределяемым бюджетным программам относятся такие программы, которые утверждаются в бюджете в составе бюджетных программ определенного администратора бюджетных программ и подлежат распределению в течение текущего финансового года между различными администраторами бюджетных программ. То есть даже при наличии основного администратора бюджетной программы есть и дополнительные администраторы, которые реализуют компоненты программы, получая от основного администратора программы финансовые ресурсы для ее реализации. К такой программе можно отнести государственную программу развития здравоохранения, которая может включать основного администратора бюджетной программы в лице Министерства здравоохранения РК, а также областные управления здравоохранения, учреждения пеницитарной системы (тюрьмы), где оказывается медицинская помощь больным в местах заключения и другие государственные учреждения, предусматривающие оказание медицинских услуг.