Основными методами проведения перечисленных видов финансового контроля являются проверки, обследования, анализ и ревизии.
Проверки, проводимые органами государственного финансового контроля (например, налоговыми органами), подразделяются на документальные (выездные) и камеральные.
Документальная проверка проводится непосредственно на предприятии, в организации и учреждении в присутствии их должностных лиц. Источниками информации служат первичные документы, регистры бухгалтерского учета, бухгалтерская, статистическая и оперативнотехническая отчетность, сметы расходов и расчеты к ним, расчеты по налогам и другая документация. Изъятие документов для проверки вне предприятия (организации) запрещено законом. В то же время контрольным органам предоставлено право изымать у юридических лиц документы, свидетельствующие о сокрытии (занижении) прибыли (дохода) или сокрытии иных объектов налогообложения, расхищении и нецелевом использовании бюджетных средств и т.п., если имеются достаточные основания полагать, что они (документы) могут быть уничтожены, заменены, фальсифицированы и т.д.
Камеральная проверка проводится по месту нахождения контрольного органа на основе перечисленных выше документов, представленных ему предприятиями, учреждениями и организациями, и имеющихся у субъекта контроля документов и сведений проверяемых юридических и физических лиц.
Один из методов контроля — обследование. Обследование заключается в личном ознакомлении контролирующего лица на месте с отдельными сторонами финансово-хозяйственной деятельности предприятий, учреждений и организаций. При этом не обязательно проверяются первичные бухгалтерские документы, но проводятся контрольные замеры работ, расхода топлива, электроэнергии, проверка скрытых объектов финансирования и налогообложения путем опроса, анкетирования, инспекции на месте, наблюдения и т.д.