Реализация Государственной программы форсированного индустриально-инновационного развития, Дорожной карты регионов, Государственной программы развития сельских территорий и др. определила изменение порядка и формирования межбюджетных отношений. Поэтому встречные потоки финансовых средств между бюджетами обусловлены необходимостью восполнять этот дефицит через перераспределение доходов между территориями. Ведь не решив проблемы существенного повышения уровня собственных доходов и сужения других сфер бюджетного регулирования, нельзя будет рассчитывать на улучшение межбюджетных отношений. В целях оптимизации процесса налогообложения, снижения встречных финансовых потоков и повышения эффективности функционирования бюджетной системы необходимо четко определить распределение основных видов налогов в стране по всем уровням бюджетной системы. Как это сделано во многих странах мира.
Основная причина больших встречных потоков в бюджетной системе - одинаковые для всех регионов нормативы отчислений от регулирующих налогов по соответствующим их видам. А это значит, что регулирующие налоги по существу перестают выполнять в полной мере свою регулирующую функцию. Они не могут учитывать особенности каждого региона, и при этом нагрузка по бюджетному регулированию переносится на прямые перечисления из республиканского бюджета в различных формах, включая трансферты.
Однако, любой из вариантов совершенствования бюджетного регулирования будет эффективен только в сочетании с успешным реформированием всей системы межбюджетных отношений. Сами трансферты, будучи наиболее значительной частью межбюджетных потоков, финансировались крайне неравномерно, с применением индивидуальных схем взаимозачетов. Регионы получали значительные средства по линии многочисленных республиканских программ, которые в ряде случаев фактически являлись одной из форм финансовой поддержки регионов, но не имели четкого механизма территориального распределения. Все это вело к размыванию критериев распределения финансовой помощи, ее распылению между регионами на основе субъективных подходов и, как следствие, к снижению эффективности бюджетного выравнивания и региональной политики в целом.